O edifício que alberga o Arquivo Municipal de Lagoa começou a ser construído em 1887, servindo durante quase um século, como depósito de água para colmatar a necessidade de abastecimento à Vila de Lagoa.
Após um longo período de inactividade foi reconvertido para instalar a Biblioteca Municipal de Lagoa, entre 1983 a 1997.
Em 1999, a Câmara Municipal de Lagoa concorreu ao Programa de Apoio à Rede Nacional de Arquivos Municipais, patrocinado pelo Instituto de Arquivos Nacionais / Torre do Tombo, visando a adaptação do edifício para Arquivo Municipal, a aquisição de equipamentos de gestão e tratamento arquivístico. Inaugurado em 2001, o edifício enceta assim, uma nova fase da sua existência: a de Arquivo Municipal de Lagoa.
A documentação que faz parte integrante do Arquivo Municipal de Lagoa, consiste num acervo, que se foi acumulando ao longo dos tempos. Armazenada, primeiro na C. M. L. (inclusive nas águas furtadas), foi posteriormente transferida para o Convento de S. José, onde permaneceu durante uma década.